Когда его брат, Шах-Али, стал казанским ханом, двухлетний Джан-Али был назначен Касимовским владетельным государем. Его отцом был султан Шейх-Аулияр, а братом — бывший хан Казани и его предшественник Шах-Али.
В те непростые времена было две группировки, которые боролись за власть в Казанском ханстве — крымская и промосковская, которая сгруппировалась вокруг представительницы рода Улу-Мухаммеда, сестры хана Муххамеда-Амина Ковгоршад.
Русское правительство собрало движение, направленное против хана Сафа-Гирея, предложив свою кандидатуру в качестве хана — Шах-Али. Сафе-Гирей пришлось покинуть престол и бежать, а в Казани было появилось временное правительство, во главе которого встала Ковгоршад.
Джан-Али приезжает в Казань
Шах-Али был неприятен казанцам по личным убеждениям, поэтому они послали к Василию III с просьбой прислать на казанский престол Джан-Али — брата Шах-Али. В сущности, Василию III было все равно, кто именно будет находиться у власти, лишь бы этот человек был предан русскому правительству. А потому, недолго думая, он выслал Джан-Али в Казань через Нижний Новгород, где тот принял присягу.
Джан-Али был правителем лишь формально, так как власть находилась в руках Ковгоршад, назначенной при нем регентшей. Вскоре мудрая Ковгоршад решила женить царевича на дочери знатного ногайского бека Юсуфа, Сююмбике, по политическим причинам. Ведь где-то в ногайской степи находился свергнутый Сафа-Гирей, который мог вернуться в любой момент. Женитьба упраздняла регентство Ковгоршад, так как свидетельствовала о совершеннолетии хана.
Как это часто бывает, брак по расчету не оказался удачным — 17-летний Джан-Али не любил жену, поэтому их брак был бездетным. Сююмбике писала отцу письма с просьбой забрать ее. Юсуф, разгневанный таким отношением к дочери, настаивал на низложении Джан-Али.
Ссылка хана Джан-Али
В декабре 1533 года скончался Василий III. Перемена правительства в России сильно сказалась на ходе казанской политической жизни. Как оказалось, казанское правительство поддерживало тесные отношения с Москвой из-за сильного страха перед агрессивной политикой правительства Гиреев, но как только появилась возможность избавиться от влияния иностранцев, Казанское ханство поспешило сделать это. Так что Джан-Али был низложен с престола казанской знатью и сослан в Иске-Казань, где в 1535 году скончался.